Cơ quan Điều hành Quỹ bao gồm: Giám đốc, Phó Giám đốc, Kế toán trưởng và các phòng ban nghiệp vụ.
Trong đó:
– Giám đốc Quỹ là người đại diện theo pháp luật trong các hoạt động của Quỹ; đại diện pháp nhân của Quỹ trước pháp luật trong việc tố tụng, tranh chấp liên quan đến hoạt động của Quỹ; chịu trách nhiệm trước Hội đồng quản lý Quỹ, Giám đốc Sở Khoa học và Công nghệ và trước pháp luật về việc điều hành hoạt động của Quỹ theo nhiệm vụ và quyền hạn được quy định;
– Phó Giám đốc, Kế toán trưởng của Quỹ làm việc theo chế độ chuyên trách;
– Các phòng chức năng gồm: Phòng Hành chính – Tổng hợp và Phòng Nghiệp vụ.